Trong 65 năm tồn tại, nhà Mạc chủ yếu phải đối phó với các lực lượng chống đối trong nước cả phía bắc (như chúa Bầu) và phía nam (Lê Ý, nhà Lê trung hưng), do đó hoạt động quân sự nhà Mạc chủ yếu là cuộc nội chiến chống các lực lượng này.

Năm 1540, trước nguy cơ về chiến tranh với nhà Minh không xảy ra (do sự cầu viện của nhà Lê trung hưng), Mạc Thái Tổ chủ động dùng biện pháp giảng hòa để giữ yên biên giới phía bắc. Với các nước Ai Lao, Chiêm Thành nhà Mạc cũng không xảy ra xung đột. Ai Lao từng giúp nhà Lê trung hưng trong thời kỳ đầu nhưng không trực tiếp có hoạt động quân sự chống nhà Mạc.